El verbo embellecer no nos viene de un antiguo verbo latino, sino que es una creación moderna, ya en el español (ver: Historia del Español), a partir de la palabra bello. La formación es la siguiente:
El prefijo verbal en- (dentro de o sobre) que viene del latín in- (hacia el interior, ver: en) que encontramos en palabras como inflamable e incrustar. Este cambia de en- cambia a em-, por asimilación, cuando está antes de una p- o b-. Este prefijo se asocia con la raíz indoeuropea *en, presente en el griego εν- (en- = dentro), y de ahí las palabras encéfalo, enclítico y entomología.
La palabra bello que viene del latín bellus = hermoso. Bellus es contracción de benulus, diminutivo de bonus el cual nos dio bueno y bonito. Esta se vincula con una raíz *deu-2 (hacer, poderoso, adorar).
El elemento final -ecer, tomado del latín -escere, y que denota proceso, acción verbal durativa, como en aborrecer, enardecer y permanecer.
La idea de este verbo es hacer que algo sea más hermoso.
La combinación de en- + adjetivo + -ecer es muy común, como podemos ver en:
embastecer = em- + basto + -ecer (hacerse más grueso);
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